1、教理上不同：藏传佛教大多争论中观和瑜伽行，即有宗和空宗。藏传佛教除了显教还有密宗。汉传佛教基本上是真空妙有的统一，大乘八宗基本上都是调和空有的观点。
2、修习法门不同：在藏传佛教信众中，密咒（又称真言，如“嗡嘛呢呗咪吽”）是修习法门。喇嘛教里的转经轮和跪山等宗教礼仪也是特有的。汉传佛教中常见的念诵“南无阿弥陀佛”的净土法门（净土宗），还有禅宗、俱舍宗、成实宗、法华宗、性空宗、法相宗、华严宗。
3、喇嘛教更重视讲经说法：藏传佛教有非常完整的闻思修、讲辩著体系，对传承也一直相当重视，从来没有间断过，并且要求次第修学。尤其是藏地的寺院非常多，比如我所在的色达县，人口不到五万，寺院就有二十几座。这些寺院都有法师讲经说法，周围的老百姓也经常去听。而汉传佛教，相比之下，一个城市里的寺院比较少，就算有几座，讲经说法的现象也不太多。其实，现在很多佛教徒特别虔诚，但佛教中到底讲了什么道理，大多数人却不明白。
4、与印度佛教的关系不同：藏传佛教接近印度佛教晚期的面貌。藏传佛教则是印度佛教发展到晚：期，开始传入吐蕃地区。汉传佛教比较接近印度佛教的中期面貌。佛教在印度本土不断发展同时向四周传播。当发展到中期大乘时期的时候，正好是大规模延丝绸之路向中原地区扩散。传承制度不同。